Die Anspannung beim Bundeskriminalamt ist hoch, denn es gibt Hinweise auf einen geplanten Terroranschlag in Berlin. Während der Abteilungsleiter Heinrich Buch (Heino Ferch) wegen seiner Alkoholkrankheit drei Monate in einer Entzugsklinik verbrachte, wurde sein von Schulungen in den USA zurückgekehrter früherer Mitarbeiter Richard König (Fabian Hinrichs) sein neuer Chef. Aufgrund der Bedrohungslage erhält Richard König von Valerie Palmen (Kirsten Block), einer Staatssekretärin des Bundesinnenministeriums, die informelle Genehmigung, alle Mittel auszunutzen. Allerdings müsse das „unterm Radar“ der Öffentlichkeit bleiben, schärft sie ihm ein.

Am nächsten Morgen deckt die alleinerziehende Mutter Elke Seeberg (Christiane Paul) den Frühstückstisch besonders liebevoll, denn ihre Islamwissenschaft studierende, 21 Jahre alte Tochter Marie (Linn Reusse) will Berlin verlassen und mit ihrem marokkanischen Freund Khalid nach Köln ziehen. Marie freut sich über die Aufmerksamkeit ihrer Mutter, aber nachdem sie eine SMS erhalten hat, verlässt sie überstürzt deren Wohnung, ohne die Frage nach dem Grund zu beantworten.

Ferdinand Hochheim (Hans-Werner Meyer), der Präsident des Kammergerichts, bei dem Elke Seeberg, als Richterin tätig ist, holt sie ab. Er vertraut ihr an, dass er zum Bundesverfassungsgericht in Karlsruhe wechseln werde und stellt ihr in Aussicht, in Berlin seine Nachfolgerin zu werden.

Der Journalist Tom Henskind (Matthias Matschke) dringt in Elke Seebergs Büro vor und protestiert gegen seine Verurteilung wegen der Veröffentlichung von als geheim eingestuften Dokumenten. Das sei ein Anschlag auf die Pressefreiheit, meint er.

Da explodiert auf dem Gendarmenmarkt ein Linienbus. Sieben Menschen werden sofort getötet, weit mehr verletzt.

Wenn Elke Seeberg die Handynummer ihrer Tochter wählt, erreicht sie nur die Mailbox, und Marie ruft auch nicht zurück.

Nachts stürmt ein Sondereinsatzkommando die Wohnung der schlafenden Richterin, und Heinrich Buch nimmt sie vorläufig fest.

Maries Freund Khalid und einer seiner Cousins waren unter den Toten im gesprengten Bus. Sie hatten die Explosion ausgelöst, und Heinrich Buch verdächtigt Marie als Mittäterin. Elke Seeberg kann sich nicht vorstellen, dass ihre Tochter etwas mit einem Terroranschlag zu tun haben könnte, aber während der Vernehmung im Beisein ihrer Rechtsanwältin Leila Onger (Carolina Vera Squella) erfährt sie Dinge über ihre Tochter, von denen sie nichts ahnte. Dass Marie häufig eine Moschee besuchte, lässt sich mit ihrem Studium erklären, aber warum verheimlichte sie ihrer Mutter, dass sie zwei Wochen lang mit einem Journalisten in Pakistan war? Elke fragt sich, ob sie ihre Tochter wirklich so gut kannte, wie sie glaubte. Hat sie als Mutter versagt?

Nach ihrer Freilassung sucht sie Khalids Mutter Amira (Nursel Köse) auf und den Imam (Ulas Kilic) der Moschee, die Marie und Khalid besuchten, aber sie erfährt nichts über den möglichen Aufenthaltsort ihrer Tochter.

Reporter belagern das Haus, in dem Elke Seeberg wohnt und versuchen, Bild- und Tonaufnahmen von ihr zu machen. Weil Ferdinand Hochheim annimmt, dass ihr in dieser Situation die für eine Richterin erforderliche Autorität fehlt, suspendiert er sie vom Dienst.

In Ihrer Wohnung entdeckt Elke Überwachungskameras und -mikrofone.

Sie schaut sich am Tatort um, entdeckt die Überwachungskamera einer Diskothek am Gendarmenplatz und überredet einen Angestellten, ihr die zum Zeitpunkt der Explosion gespeicherten Aufnahmen zu zeigen. Dabei sieht sie, wie ihre Tochter von zwei Männern betäubt und vom Platz gezerrt wird. Heinrich Buch kommt dazu und sieht das Video ebenfalls. Er wusste nicht, dass Marie verschleppt wurde. Nun vermutet er, dass die junge Frau, die mehr über die Terroristen wissen könnte, irgendwo festgehalten und verhört wird.

Verzweifelt wendet Elke sich an ihren Chef. Ferdinand Hochheim soll seine Beziehungen zum Innenministerium spielen lassen und ihr bei der Suche nach Marie helfen. Als er sich sträubt, erpresst sie ihn mit ihrem Wissen über ein vor neun Jahren von ihm zu verantwortendes Gerichtsurteil: Damals sprach er eine Ex-Freundin frei, statt sich für befangen zu erklären.

Nina (Lara Mandoki), eine IT-Spezialistin des BKA, hilft Heinrich Buch bei seinen unautorisierten Nachforschungen. Während er mit Richard König in der Kantine isst, tut sie so, als sei ein Automat kaputt, um König abzulenken und es Buch zu ermöglichen, eine Kopie der Dateien des auf dem Tisch liegenden Handys zu ziehen.

So findet er heraus, dass Marie auf Anweisung Richard Königs entführt und vier Stunden nach dem Terroranschlag mit einem Hubschrauber nach Ramstein geflogen wurde. Die Amerikaner brachten sie vermutlich zu einer black site im Ausland, wo sie unkontrolliert von CIA-Agenten verhört werden kann. Das teilt er Elke Seeberg konspirativ mit. Er will ihr helfen und dabei heimlich gegen seinen Vorgesetzten arbeiten, dessen Vorgehensweise er ablehnt.

König hält eine „neue Logik“ für erforderlich. Früher sei es Aufgabe der Kriminalpolizei gewesen, Verbrechen aufzuklären, erklärt er Buch, aber das genüge nicht mehr. Bei Terroristen könne man nicht warten, bis sie einen Anschlag verübt haben, sondern man müsse sie bereits vor der Tat ausschalten. Das geht nur mit einer umfassenden Überwachung. Dass dabei der Datenschutz missachtet und Rechte Einzelner verletzt werden, müsse man als Preis für die Sicherheit der Bevölkerung in Kauf nehmen.

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Elke wendet sich an den Journalisten Tom Henskind, trifft sich mit ihm konspirativ im Neuen Museum und gibt ihm eine Kopie der DVD mit den Bildern von Maries Entführung. Obwohl die Richterin ihn unlängst verurteilte, unterstützt er sie bei der Suche nach ihrer Tochter.

Nachdem Henskind herausgefunden hat, dass Marie in einem polnischen Gefängnis festgehalten wird, stellt er Elke Seeberg ein Auto zur Verfügung, mit dem sie Berlin trotz der pausenlosen Überwachung durchs BKA unbemerkt verlassen kann. In Polen wird sie von einem Mann erwartet, der ihr Papiere gibt und sie instruiert, wie sie sich im Gefängnis als Rot-Kreuz-Beauftragte ausgeben soll. Die echte Rot-Kreuz-Delegation, die ihren Besuch angekündigt hat, werde man mit einer Autopanne zwei Stunden lang aufhalten, erklärt er.

Tatsächlich gelingt es Elke, in die Haftanstalt zu kommen. Als man sie kurz allein lässt, sucht sie nach Marie, aber dabei wird sie nach wenigen Minuten ertappt. Stromstöße aus einem Elektroschocker lassen sie zusammenbrechen.

Richard König tobt, als er erfährt, dass seine Männer Elke Seebergs Spur verloren haben. Die Staatssekretärin Valerie Palmen hält es inzwischen für einen Fehler Königs, Marie Seeberg verschleppt und den Amerikanern übergeben zu haben, denn die Studentin wusste offenbar nichts von dem geplanten Terroranschlag.

Heinrich Buch gibt seine taktische Zurückhaltung auf. Er verlangt von Richard König, Marie Seebergs sofortige Freilassung zu veranlassen und dann seine Kündigung einzureichen. Aber König lässt Buch kurzerhand wegen „Sabotage laufender Operationen“ verhaften.

Als Elke Seeberg nicht aus Polen zurückkommt und Telefonanrufe nicht beantwortet, geht Tom Henskind mit ihrer besten Freundin Anna Bittner (Inka Friedrich) und ihrer Rechtsanwältin Leila Onger an die Öffentlichkeit. In einer improvisierten Pressekonferenz auf der Straße geben sie bekannt, was sie über die illegalen Machenschaften des BKA und Marie Seebergs Verschleppung in ein polnisches Gefängnis wissen.

Kurz darauf wird Richard König festgenommen.

Elke Seeberg kommt in dem polnischen Gefängnis zu sich. Sie liegt auf dem Boden. Zwei Männer ziehen sie hoch, schleifen sie durch Korridore und werfen sie hinaus. Aber Elke bleibt wie eine Mahnwache vor dem Tor stehen. Stunden später, es wird bereits dunkel, entdeckt sie Marie. Man hat die benommene junge Frau auf einer Seite des Gebäudes auf den Boden gesetzt und gegen die Wand gelehnt.

In einer Berliner Klinik erholt Marie sich von den Folgen der Folterung. Elke schaut auf einen Bildschirm im Krankenhaus, als die Reporterin Verena Schmidt (Marie-Kristin Boese) über den Rücktritt des Innenministers und seiner Staatssekretärin berichtet.

Marie schläft gerade, als Heinrich Buch mit Blumen kommt. Mit Elke Seeberg gemeinsam verlässt er das Krankenhaus.