Kupferstich-Karikaturen von Francisco de Goya (Stellan Skarsgård) mit der schonungslosen Darstellung von Missständen beunruhigen 1792 die Inquisition in Madrid. Pater Lorenzo (Javier Bardem), der gerade sein Porträt von Goya malen lässt, rät dem Inquisitor Gregorio (Michael Lonsdale), nicht den Künstler zu bestrafen, sondern die Gesellschaft zu reinigen.

Den Kirchenmännern, die zu diesem Zweck ausschwärmen, fällt in der Taverne von Doña Julia (Mercedes Castro) die Bürgertochter Inés Bilbatúa (Natalie Portman) auf, die sich dort in Begleitung ihrer Brüder Ángel und Álvaro (Unax Ugalde, Fernando Tielve) vergnügt. Aber nicht, weil sie einem Zwerg spaßeshalber die Füße küsst, sondern weil sie nichts von dem aufgetischten Spanferkel isst, wird Inés vor das Inquisitionsgericht zitiert. Man beschuldigt sie, eine „Judaisiererin“ zu sein und deshalb kein Schweinefleisch zu essen. Unter der hochnotpeinlichen Befragung – sie wird an den auf den Rücken gefesselten Armen aufgehängt – gesteht Inés, heimlich die jüdischen Regeln ihrer Vorfahren befolgt zu haben. Zur Strafe sperrt man sie ein.

Tomás Bilbatúa (José Luis Gómez), der sich große Sorgen um seine Tochter macht, weil er sie am Morgen zum Inquisitionsgericht brachte und seither nichts mehr von ihr hörte, sucht Francisco de Goya auf und bittet ihn, mit Pater Lorenzo zu reden. Obwohl Goya das Mädchen mehrfach gemalt hat, sträubt er sich, weil er keinen Ärger haben möchte, doch am Ende kommt er dem Wunsch Bilbatúas nach.

Lorenzo sucht Inés im Kerker auf. Das schöne nackte Mädchen erregt ihn so, dass er es während eines gemeinsamen Gebetes umarmt und liebkost.

Zusammen mit Goya folgt er einer Einladung von Tomás Bilbatúa und dessen Ehefrau María Isabel (Mabel Rivera) zum Essen. Der reiche Kaufmann stellt dem Mönch eine mit Goldmünzen gefüllte Truhe für die Renovierung eines Klosters zur Verfügung. Er bezweifelt, dass unter der Folter abgelegte Geständnisse der Wahrheit entsprechen, aber Lorenzo versichert ihm, wahre Gläubige würden unter keinen Umständen lügen und Gott verleihe Unschuldigen die Kraft, die Schmerzen zu ertragen. Deshalb sei die Inquisition von der Wirksamkeit der hochnotpeinlichen Befragung überzeugt. Ob Lorenzo unter der Folter gestehen würde, ein Affe zu sein, fragt Bilbatúa. Goya hält das zunächst für einen schlechten Scherz, aber Inés‘ Vater meint es ernst: Er schickt den Maler fort und lässt dem Pater von seinen Söhnen die Hände auf den Rücken fesseln. Als sie Lorenzo am Kronleuchter hochziehen, schreit er vor Schmerzen und unterzeichnet anschließend eine Erklärung, in der es heißt, er sei der Bastard einer Schimpansin und eines Orang-Utan. Bilbatúa verspricht, das Papier zu verbrennen, sobald Inés wieder da sei.

Lorenzo überbringt die Schatztruhe dem Inquisitor und bittet um die Freilassung der Bürgertochter. Gregorio nimmt zwar die großzügige Spende dankend an, lehnt es jedoch ab, Inés aus dem Kerker holen zu lassen.

Unter dem Vorwand, sich um Inés zu kümmern, sucht Lorenzo sie noch mehrmals im Kerker auf.

Der zornige Vater, der nicht ahnt, dass seine Tochter von Lorenzo defloriert wurde, überbringt König Karl IV. (Randy Quaid) das von dem Mönch unterschriebene Dokument. Es beweise, dass selbst ein strenggläubiger Kleriker unter der hochnotpeinlichen Befragung jeden Unsinn gestehe, erklärt er. Auf die gleiche Weise sei das Geständnis seiner unschuldigen Tochter zustande gekommen.

Lorenzo flieht nach Frankreich.

Sein Porträt wird in Goyas Atelier konfisziert und öffentlich verbrannt.

Unmittelbar nach der Enthüllung eines monumentalen Porträts, das Francisco de Goya von Königin Maria Luisa (Blanca Portillo) gemalt hat, trifft ein Bote ein und meldet, die Revolutionäre in Paris hätten König Ludwig XVI. von Frankreich vor sechs Tagen guillotiniert.

1807/08 besetzen die Truppen Napoleons (Craig Stevenson) die Iberische Halbinsel, und am 6. Juni 1808 ernennt Napoleon seinen Bruder Joseph Bonaparte (Julian Wadham) zum König von Spanien. Francisco de Goya, der inzwischen taub ist, hält auf seinen Bildern die Gräueltaten fest, die die Besatzer für erforderlich halten, um die erhabenen Ideale der Französischen Revolution durchzusetzen. Die Inquisition wird abgeschafft, und die Gefangenen der Kirche – darunter Inés – kommen frei.

Nachdem sie festgestellt hat, dass ihre Eltern und Brüder getötet wurden, wendet sie sich an Francisco de Goya. Zunächst erkennt er die nach sechzehn Jahren Kerker verwahrloste und geistig verwirrte Frau nicht wieder, aber dann begreift er, wer sie ist. Inés behauptet, im Kerker ein Kind geboren zu haben, das ihr sofort weggenommen worden sei, und bittet den Künstler, ihr dabei zu helfen, ihre Tochter wiederzufinden.

Lorenzo Casamares kehrt als Chefankläger der Franzosen nach Madrid zurück. Vor sechzehn Jahren war er ein religiöser Fundamentalist, nun vertritt er ebenso fanatisch die Ziele der Französischen Revolution: Freiheit, Gleichheit und Brüderlichkeit. Wer sich dieser Bewegung nicht anschließe, müsse hingerichtet werden, meint er und rächt sich an Gregorio mit einem Todesurteil.

Seine Karriere verdanke er eigentlich Tomás Bilbatúa, erklärt er Goya, denn erst durch die Flucht sei er nach Frankreich gekommen, habe dort Voltaire gelesen und seine Irrtümer erkannt. Weil er inzwischen mit einer Frau namens Henrietta (Aurélia Thiérrée) verheiratet sei und drei Kinder habe – Juliet, Claire und Jean (Iola Kittay, Romy Kittay, Thomas Riordan) –, müsse Francisco de Goya baldmöglichst ein Familienporträt malen. Anders als bei dem Porträt vor sechzehn Jahren könne er sich jetzt auch den Aufpreis für die Darstellung der Hände leisten.

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Francisco de Goya erzählt ihm von Inés und lässt sie hereinbringen. Die verstörte Frau fragt Lorenzo nach ihrem gemeinsamen Kind, aber er übergibt sie einem Soldaten und lässt sie in eine Irrenanstalt bringen. Sie fantasiere, beteuert er und verspricht Goya, gut für sie zu sorgen.

Insgeheim stellt er Nachforschungen an und findet heraus, dass 1793 im Kerker der Inquisition ein Mädchen geboren wurde, das in einem Kloster aufwuchs und den Namen Alicia bekam. Im Alter von elf Jahren lief es allerdings fort, und die Oberin (Trinidad Rugero) weiß nicht, was aus Alicia geworden ist.

Als Goya im Retiro Park malt, fällt ihm eine Kokotte auf, die genauso aussieht wie Inés in ihrer Jugend. Nachdem sie zu einem Mann in die Kutsche gestiegen ist, fragt Goya die Kupplerin (Concha Hidalgo) nach ihr und erfährt, dass sie Alicia heißt und am nächsten Tag wieder verfügbar sei.

Aufgeregt eilt Goya zu Lorenzo und berichtet ihm von seiner Entdeckung. Am nächsten Tag lässt Lorenzo sich in den Park fahren und Alicia in seine Kutsche steigen. Er gibt sich zwar nicht als ihr Vater zu erkennen, drängt sie aber, nach Amerika auszuwandern und bietet ihr Geld an. Da fühlt Alicia sich bedroht und springt schreiend aus der Kutsche.

Kurz darauf kauft Goya Inés aus der Irrenanstalt frei. In einer Kneipe findet er Alicia. Er will sie zu ihrer in der Kutsche wartenden Mutter bringen, doch in diesem Augenblick dringen Soldaten ein und nehmen die Huren fest. Die Razzia wurde von Lorenzo in Auftrag gegeben. Er ordnet an, die Frauen nach Amerika zu deportieren.

Da trifft die Nachricht ein, dass die in Portugal gelandeten britischen Gruppen unter Arthur Wellesley, dem späteren Herzog Wellington (Cayetano Martínez de Irujo), die Grenze nach Spanien überschritten haben. Lorenzo versucht, mit seiner Familie zu fliehen. Aber die Briten nehmen in gefangen und befreien die Kokotten, die zum Hafen gebracht werden sollten.

Nachdem die Franzosen aus Madrid abgezogen sind, sitzt Gregorio über Lorenzo zu Gericht. Der frühere Inquisitor, der im Kerker auf die Hinrichtung wartete, wurde von den Briten freigelassen. Er stellt Lorenzo vor die Wahl: Reue oder Tod. Diesmal bleibt Lorenzo standhaft, und statt abermals sein Mäntelchen nach dem Wind zu hängen, lässt er sich auf einem Esel zum Marktplatz bringen und dort mit der Garotte erwürgen.

Alicia beobachtet die Hinrichtung. Gelangweilt steht sie auf einem Balkon an der Seite eines Offiziers. Ihre Mutter befindet sich in der Menge. Inés trägt das Baby der Prostituierten Harlot (Genoveva Casanova) auf dem Arm, das sie in ihrer geistigen Verwirrung für ihr eigenes Kind hält, und sie folgt dem Karren, mit dem Lorenzos Leiche weggebracht wird.