Eduard von Keyserling stammte aus einer alteingesessenen baltischen Adelsfamilie und war das neunte von zwölf Geschwistern auf Schloss Paddern bei Hasenpoth in Kurland. Nach dem Abitur studierte er Jura, Philosophie und Kunstgeschichte, wurde aber wegen einer Lappalie von der Universität relegiert und gesellschaftlich geächtet. Deshalb lebte er jahrelang in Wien.

1889 kehrte er zurück und übernahm die Verwaltung der Familiengüter, bis 1894 seine Mutter starb. Im Jahr darauf zog er mit seinen unverheirateten Schwestern Elise und Henriette nach München. Dort verkehrte Eduard von Keyserling mit Lovis Corinth, Alfred Kubin, Frank Wedekind und vielen anderen Künstlern. Eine Syphilisinfektion, die er sich während seines Aufenthalts in Wien zugezogen hatte, führte zwar zu einem Rückenmarksleiden, aber 1899/1900 reiste er trotzdem mit seinen beiden Schwestern nach Venedig, Florenz, Siena, Rom und Neapel. Einige Jahre später erblindete der Schriftsteller und konnte seine Texte nur noch diktieren. Nachdem Henriette (1908) und Elise (1915) gestorben waren, kam seine Schwester Hedwig zu ihm nach München und pflegte ihn, bis er am 28. September 1918 verschied.

Klaus Modick schrieb den Roman „Keyserlings Geheimnis“ (Kiepenheuer & Witsch, 2018; ISBN 978-3-462-05156-8).